Девять месяцев назад Оперативник (Point Man) и его отряд F.E.A.R. получили приказ остановить каннибала-телепата, устроившего кровавую бойню. Оказалось, что чудовище не кто иной, как родной брат Оперативника — Пакстон Феттел (Paxton Fettel), которого полностью контролирует их мать Альма Вейд. Эта молодая женщина обладает паранормальными способностями невиданной мощи, страдает сильным психическим расстройством, а потому в бессознательном состоянии была заточена в «Саркофаг». Однако, несмотря на это открытие, Оперативник следует приказу уничтожить Феттела.

В результате охоты брата на брата город превратился в руины, почти все бойцы отряда F.E.A.R. погибли. Кроме того, становится ясно, что Альма продолжает влиять на происходящее. Однако хуже всего то, что она вот-вот родит нечто, способное уничтожить весь мир. Каким-то чудом Феттел воскресает. Он отказывается принять сторону Оперативника, но просит его помочь добраться до Альмы. В то же время оставшиеся в живых бойцы отряда F.E.A.R. не оставляют попыток завершить свою миссию.

В этот раз игроков ждет захватывающая и леденящая кровь сюжетная кампания, пройти которую предлагается не только самостоятельно, но и вдвоем. Управлять можно Оперативником — генетически усовершенствованным солдатом, наделенным молниеносной реакцией и способностью замедлять время, или же Пакстоном Феттелом — существом, обладающим уникальными псионическими способностями.