Герой, прославившийся более двадцати лет назад в игре Bionic Commando образца 1988 года, возвращается! Судьба безжалостно обошлась с Натаном Спенсером. Одержав тяжелую победу над врагами своего государства, он оказался не нужен собственному правительству. Более того, власти увидели в Натане угрозу и решили избавиться от него — воина обвинили в преступлениях, которых он не совершал, и приговорили к смерти.

Так бы и погиб ветеран от рук палача, не появись на горизонте новая угроза. Прямо в день казни Натана некая террористическая организация атаковала город Эсеншн-сити (Ascension City). Используя экспериментальное оружие массового поражения, экстремисты вызвали сильнейшее землетрясение, превратившее мегаполис в руины. Вдобавок преступники установили контроль над городскими орудиями ПВО, лишив власти возможности прислать войска по воздуху. В результате правительству не осталось ничего, кроме как спешно амнистировать проверенного в боях коммандос и заслать его в неприятельский тыл!