Данная игра является своего рода прологом и служит как связующая нить с событиями предшествующих выпусков серии. 

Вам вновь предстоит вжиться в роль отважного Снейка, знакомого также как Биг Босс. Задача: прокрасться на базу «Омега», где находятся в плену Паз и Чико. 

Данные заложники обладают важнейшей информацией касательно самого Снейка и его военной организации. Вы должны сделать все, чтобы данная информация не была обнародована.