С тех пор, как герои первой части Lost Planet включили на планете E.D.N III климатические установки, прошло десять лет. За это время холодный мир преобразился. Быстрое таяние льдов привело к образованию в одних районах засушливых пустынь, а в других — тропических джунглей. Однако безопасной E.D.N III отнюдь не стала. Представители местной агрессивной фауны по-прежнему угрожают людям, да и среди самих колонистов единства нет.
 

Кто станет героем новой истории, игроки решают сами, создавая свой собственный, уникальный образ снежного пирата. В сюжетной кампании представлено шесть взаимосвязанных эпизодов, развитие событий в которых во многом зависит от действий игрока.